A poliakrilamid-gél elektroforézis nátrium-dodecil-szulfát (SDS-PAGE) jelenlétében igen elterjedt technika a polipeptidek komplex keverékeinek elemzésére. Nagy felbontóképességgel rendelkezik, gyors és alkalmas savas vagy bázikus pI fehérjék számára. Az utolsó azért van, mert a fehérjét SDS-sel reagáltatják, amely hozzávetőlegesen 1–4∶1 arányban kötődik a fehérjéhez (SDS: fehérje, w / w), és negatív töltést kölcsönöz az SDS-fehérje komplexnek. A töltött komplexek az anód felé mozognak, amikor elektromos mezőbe helyezik őket, és a töltés és a méret különbségei alapján elválasztják egymástól. Az SDS-PAGE-t általában a fehérjék molekulatömegének becslésére használják, de a becslések hozzávetőlegesek (ezeket látszólagos molekulatömegnek nevezik), és néha hajlamosak jelentős hibára.
Például a látszólagos molekulatömeg aránytalanul nagy növekedése következhet be egy fehérje ( 1 ) kovalens foszforilezésével vagy a foszforsav mesterséges megkötésével ( 2 ). Az SDS-PAGE legtöbb formatervezése „halmozó gélt” alkalmaz. Egy ilyen rendszer lehetővé teszi a minták koncentrálását a gélen belül viszonylag nagy térfogattól a nagyon kis zónákig, ezáltal a különböző fehérjék keskeny sávjait kapják, amelyek aztán jobban megoldódnak.
Ebben a fehérjekoncentrációban (vagy „halmozásban”) az elv az izotachoforézis. Úgy állítják fel, hogy egymásra rakódó gélt készítenek az „elválasztó gél” tetején, amelynek pH-ja eltérő. A mintát a halmozó gélre viszik fel, és amikor az elektromos mezőt alkalmazzák, a negatív töltésű komplexek és a kisebb ionok az anód felé mozognak.
Fehérje-szeparációs módszerek Az alábbiakban bemutatjuk a fehérje- elválasztáshoz használt néhány általános módszer gyors áttekintését : Az SDS-PAGE (SDS-poliakrilamid gélelektroforézis) a fehérjéket elsősorban a molekulatömeg alapján választja el a töltéssel szemben (amelyet a a fehérjéhez kötött SDS feleslege) vagy hajtogatás (a fehérjéket nagyrészt SDS-ben denaturálják ).
Mi a fehérje elektroforézis?
A fehérje-elektroforézis egy standard laboratóriumi technika, amelynek segítségével a töltött fehérjemolekulákat egy oldószeren keresztül elektromos mező szállítja. A fehérjék és a nukleinsavak egyaránt elválaszthatók elektroforézissel, ami egyszerű, gyors és érzékeny analitikai eszköz. A legtöbb biológiai molekula nettó töltést hordoz az izoelektromos pontjától eltérő pH-n, és töltéssűrűségükkel arányos sebességgel vándorol. A molekula elektromos téren keresztüli mobilitása a következő tényezőktől függ: térerősség, a molekula nettó töltése, a molekula mérete és alakja, ionerőssége és a mátrix tulajdonságai, amelyeken keresztül a molekula vándorol (pl. Viszkozitás, pórusméret). A poliakrilamid és az agaróz két hordozó mátrix, amelyet általában az elektroforézis során használnak. Ezek a mátrixok porózus közegként szolgálnak és molekulaszitaként viselkednek. Az agaróz nagy pórusmérettel rendelkezik, és alkalmas nukleinsavak és nagy fehérjekomplexek elválasztására. A poliakrilamid kisebb pórusmérettel rendelkezik, és ideális a fehérjék többségének és a kisebb nukleinsavak elválasztására.
A poliakrilamid-gélelektroforézis (PAGE) számos formája létezik, és mindegyik forma különböző típusú információkat nyújthat az érdekes fehérjékről. A nátrium-dodecil-szulfát PAGE (SDS-PAGE) denaturálása és redukálása egy szakaszos pufferrendszerrel a legszélesebb körben alkalmazott elektroforézistechnika, amely elsősorban a fehérjéket tömeg szerint választja el. A nem-naturáló PAGE, más néven natív-PAGE, elválasztja a fehérjéket tömeg / töltés arányuk szerint. A kétdimenziós (2D) PAGE elválasztja a fehérjéket natív izoelektromos ponttal az első dimenzióban és tömeggel a második dimenzióban.